Temel fatura senaryosunda düzenlenen e-Faturaların elektronik ortamda iptal edilebilmesi için; iğiniz, faturayı düzenleyen tarafından fatura numarası ve fatura tutar bilgilerini imzalayıp fatura iptal talebi e-Fatura İptal Portali aracılığı ile oluşturulması ve iptal taleplerine ilgili faturanın alıcısı tarafından iptal talebine onay verilmesi gerekmektedir. Alıcısı tarafından iptal talebine portal aracılığı ile onay verilmedikçe, iptal talebine ait e-faturalar eFatura uygulamasına ilişkin sistem üzerinde iptal edilmemiş, geçerli faturalar olarak kabul görecektir.  

Bilindiği üzere temel fatura senaryosunda düzenlenen e-Faturalara ancak Türk Ticaret Kanunu’nun 18 inci maddesinin (3) numaralı fıkrasında belirtilen harici itiraz yolları ile de itiraz edilebilmekte,        e-Fatura              uygulamasına    ilişkin    sistem   üzerinden             itiraz      (red       yanıtı) edilememekteydi. Gelir İdaresi Başkanlığınca tasarımı tamamlanan ve e-Fatura uygulamasına kayıtlı kullanıcıların istifadesine sunulan e-Fatura İptal Portali aracılığı ile iptal işlemleri,  e-Fatura uygulamasına ilişkin sistem üzerinden muhatabına iletilen red yanıtı olarak değerlendirilecek ve sistem içi itiraz mekanizması olarak kabul edilecektir. 

e-Fatura uygulamasına taraf olanların birbirlerine yönelik düzenlemiş oldukları                       

e-Faturalara sistem üzerinden (gerek Ticari fatura senaryosunda düzenlenmiş faturalar için  eFatura sistemi üzerinden, gerekse temel fatura senaryosunda düzenlenmiş faturalar için eFatura İptal Portalı üzerinden)  itiraz etmeleri mümkün bulunduğu gibi harici itiraz yollarının (noter aracılığıyla, taahhütlü mektupla, telgrafla veya güvenli elektronik imza kullanılarak kayıtlı elektronik posta sistemi ile) kullanılmasına engel teşkil etmemektedir. Ancak harici itiraz yolları ile gerçekleştirilen itiraz işlemleri ve bu itiraz işlemlerinin sonucuna göre faturanın iptal edilmiş olup olmadığı,  e-Fatura sistemi üzerinden takip edilmesi mümkün olamayacağından ve eFatura sistem üzerinde söz konusu faturalar satıcısı tarafından düzenlenmiş ve alıcısı tarafından da itiraz/iptale konu edilmemiş olduğu durumda, elektronik ortamda yapılacak kontrol ve denetimlerde mükelleflerimizin ilave açıklama yapmalarına ve bu itiraz ve iptal işlemlerini haricen gerçekleştirdiklerine ilişkin tevsik edici bilgi ve belgeleri ilgililere sunma ve bu bilgi ve belgeleri istenildiğinde ibraz edilmek üzere muhafaza edilmesini gerektirecektir. Bu nedenle, ticari fatura senaryosunda düzenlenen e-Faturalara e-Fatura uygulaması üzerinden, temel fatura senaryosunda düzenlenen e-Faturalara da e-Fatura İptal Portalı üzerinden itiraz/iptal işlemlerini gerçekleştirilmesi özellikle sistem bilgileri ile beyan, bildirim ve formlardaki bilgilerin uyumluluğunun sağlanması açısından tavsiye edilmektedir.